Pronto Antonio Martínez, que hasta aquí era como se le conocía, fue reconocido por sus cualidades, y sus compañeros lo eligen rector del Colegio, lo que hoy podría ser delegado de curso. Allí se interesó por todas las materias: Humanidades, Ciencias, Hebreo, Jurisprudencia, Medicina, Teología, Geografía, Astrología… según constan en las memorias del Colegio.

En Bolonia tomaría una decisión que más tarde explicaría en sus Introducciones Latinas, de la siguiente forma: “Como en Lebrixa y en toda su comarca se encuentran muchas lápidas romanas, en que aparecen los nombres de Elios y Elianos, me he permitido anteponer ese nombre al de pila, como descendiente de familia romana muy conocida en toda Andalucía, y de los que salieron emperadores tan gloriosos como Elio Trajano y Elio Adriano, que puede decirse que fueron coetáneos míos. Pero no de mi familia, me dirán sino romanos de hace mil quinientos años. A esto les respondo, que si no soy pariente de ellos por naturaleza, lo soy por adopción.”

A España llegan noticias suyas que lo sitúan por encima de sus contemporáneos. El arzobispo de Sevilla don Alonso de Fonseca, le escribe a Bolonia, rogándole que volviese a Sevilla para hacerse cargo de la educación de su sobrino Juan Rodríguez de Fonseca, que andando el tiempo llegaría a ser obispo de Badajoz, Córdoba, Palencia y Burgos.

Ante la invitación vuelve a España el 1470, ya como educador, como maestro. Tres años estuvo en Sevilla impartiendo clases en la Capilla de la Granada, situada en el Patio de los Naranjos. Así comenzaría su andadura como maestro. Tras la muerte del arzobispo Fonseca, en 1473, Antonio no se siente a gusto en Sevilla. Decide encaminarse a tierras más fértiles en el saber. Decide tomar nuevamente rumbo a Salamanca. Allí arrendó una casa en la Rua Nueva, hoy calle de Libreros.

No estamos seguros de la fecha en que Elio Antonio contrajo matrimonio, probablemente entorno al año 1469. De su mujer apenas existen referencias, ni descripciones físicas ni espirituales. Fue Isabel de Solís Maldonado, dama noble de Salamanca, nieta del hidalgo caballero salmantino Sancho Montesinos de Solís. Los hijos de este matrimonio fueron seis varones y una hembra, todos ellos nacieron en Salamanca, por lo que nacieron antes de 1487, cuando Elio Antonio se traslada a Zalamea de la Serena. Entre los hijos ilegítimos que se le atribuyen, cuyo número es incierto, pero que no fueron pocos, el más conocido es el que engendró con la lugareña salmantina María de Torres, llamado Antonio de Nebrija, que murió en el cerco de Granada.